雖然農產加值要打MIT品牌，應符合「原產地證明書及加工證明書管理辦法」規定，例如已完成重要製程或附加價值率超過35％，產品已實質轉型者等；舉例來說，紫菜輕度加工成乾紫菜就不行，但深度加工成海苔片，就可打著MIT名義外銷。
但自經區全面開放外國農工原料進入加工，且加工後變成非管制食品就可內銷；例如目前中國花生禁止進口，但若在自經區經加工製成花生醬，未來就可內銷。此舉遭質疑形同變相開放中國農產品進口，低價的中國農產品恐取代台灣農產，更可能藉「後廠」加工流竄全台，台灣農業非但加值不了，反而可能面臨存亡危機。